O uniforme do Flamengo passou por algumas modificações desde a fundação do clube até os dias de hoje. A primeira delas ocorreu ainda na época em que apenas o remo era praticando: Inicialmente com as cores azul e ouro, foi logo substituído pelo vermelho e preto, devido à dificuldade de se conseguir tecido nas cores iniciais – importadas da Inglaterra – aliada à facilidade em desbotar com o sol e a salinidade da água do mar.

Com o surgimento do futebol em 1912, cada seção do clube possuía seu uniforme, por exigência clara dos atletas do Remo que ainda tinham certa resistência a pratica do futebol. Portanto o uniforme oficial, o tradicional vermelho e preto em listras horizontais, era utilizado pelos atletas do remo e o futebol utilizou o uniforme que ficou conhecido como "papagaio de vintém". Com quatro quadrados grandes e alternados (dois pretos e dois vermelhos), lembravam bastante as pipas vendidas nos bazares àquela época. Esse uniforme foi utilizado desde a estréia, na vitória do Flamengo sobre o Mangueira por 16 x 2, até a vitória contra o América, em 15/11/1913, por 1x0. A "Papagaio de Vintém" foi relançada em 1995 para homenagear o centenário do clube, porém somente utilizadas em alguns amistosos.

A partir do final de 1913 o futebol do Flamengo passou a utilizar um novo uniforme, camisa listrada nas cores preto e vermelho com frisos brancos entre as listras. Foi apelidada de "Cobra Coral", por lembrar o animal de peçonha. Porém por questão de conveniência acabou sendo necessário substituí-la: Em uma época em que o mundo sofria com sua primeira guerra mundial, as cores da camisa eram iguais as da Alemanha, inimiga pública mundial. Então em 28/05/1916 na derrota para o Bangu por 3x2 foi utilizada pela ultima vez.

Finalmente em 1916 os atletas do remo autorizam a utilização do uniforme oficial do clube, com listras horizontais alternadas em vermelho e preto além das letras CRF, abreviação de Clube de Regatas do Flamengo, no alto no lado esquerdo. O primeiro modelo da camisa rubro-negra foi criado em 04/06/1916 e durou até 01/04/1984.  Ao logo de todo este período, as únicas variações são a espessura das listras e a inclusão das três estrelas verticais ao lado do CRF, adotadas no segundo semestre de 1980, em referência aos três tricampeonatos estaduais 42-43-44/53-54-55/78-79-79e) conquistados pelo clube. 

Em 08/04/1984, na partida em que o Flamengo venceu o América por 3x0, o clube inicia uma nova era não apenas em seus uniformes, mas também no futebol brasileiro: A utilização do patrocínio, algo até então inédito no Brasil (o Flamengo foi o primeiro clube do Brasil a possuir um patrocinador). A empresa Petrobrás passou a estampar na camisa rubro negra a marcar de seu óleo LUBRAX, da subsidiária BR Distribuidora. A camisa muda alguns detalhes até 1999 como o acréscimo do nome Petrobrás nas costas, na altura do ombro. Porém, o layout é basicamente o mesmo.

A partir de 2000 novas alterações no uniforme rubro negro: Há a retirada das letras CRF. Em seu lugar entra o escudo do clube (esportes terrestres) e as estrelas passam da posição vertical para horizontal acima do escudo. Em 2001, após o quarto tricampeonato estadual, é acrescentada mais uma estrela. Além desta surge mais uma estrela amarela em referência ao mundial de 1981.  Após 29/09/2004 na partida Flamengo 0x0 Corinthians, novamente sai o escudo do clube e retorna as letras CRF, desta vez com apenas uma estrela, a amarela referente ao Mundial de 1981, acima das letras.

Outro uniforme utilizado pelo clube ao longo dos anos é o branco, considerado segundo uniforme, instituído em 1938 por sugestão do técnico Dori Krueschner  para ser utilizado em jogos noturnos e diferenciar em campo os jogadores do Flamengo de outros jogadores de clubes cujo uniforme também fosse rubro-negro. Entre 1938 e 1979, de 1993 até o primeiro semestre de 2007 e a partir de julho de 2009 o segundo uniforme é uma camisa toda branca com uma faixa horizontal preta e vermelha no meio da camisa  e o escudo do clube ao centro da faixa. Nos períodos não compreendidos acima, entre 1980 a 1993 e entre o segundo semestre de 2007 até o primeiro semestre de 2009, o segundo uniforme foi uma camisa toda branca, modelo criado pela esposa do presidente Márcio Braga: com detalhes nos braços e ombros vermelho e preto com as letras CRF na altura do coração.  Vale ressaltar que com esta camisa, o C.R. Flamengo conquistou seu maior título, o de campeão mundial interclubes em 1981. 

Em alguns momentos de sua história o clube optou ainda pela utilização de um terceiro uniforme. Entre 1999 e 2000, o modelo utilizado era todo preto com detalhes em vermelho nas laterais e ombros, com as letras CRF ao centro da camisa. Posteriormente entre 2000 e 2001, um modelo todo vermelho com frisos pretos nas laterais e ombros, com o escudo do clube do lado esquerdo. Esta camisa possuía no braço direito um selo comemorativo dos 105 anos de fundação do clube. Foi usada no torneio Rio - São Paulo de 2000, porém ela não trouxe muita sorte ao Flamengo, que sofreu quatro derrotas em quatro jogos. Foi utilizada pela última vez no jogo Flamengo 0x0 Vasco em 13/05/2001. Uma última utilização de terceiro uniforme ocorreu em 2008, durante o campeonato carioca, na partida C.R. Flamengo 0x0 Madureira (RJ), onde a camisa possui duas metades, uma vermelha e outra preta horizontalmente, com o escudo do remo e detalhes em dourado.

Um uniforme que não chegou a ser utilizado merece menção: Criado para ser utilizada em jogos amistosos no ano do centenário (1995), não conseguiu aprovação por parte do conselho deliberativo do clube, portanto não tendo sido utilizado em nenhum jogo oficial. Possuía modelo azul escuro com listras pretas, vermelhas e amarelas em referência as quatro cores que o clube já possuiu (azul e amarelo como cores iniciais, e vermelho e preto como cores atuais) e o escudo do clube, à esquerda e no alto.